Aperto nel 1985, il museo documenta soprattutto la presenza romana nella città e nel territorio.Numerosi i ritratti e le iscrizioni, tra questi la nota “lex spoletina“, riportata in latino arcaico su due cippi rinvenuti nel territorio spoletino, la quale stabilisce sanzioni contro eventuali profanazioni del bosco consacrato a Giove. Il ritratto di Augusto e quello, probabile, di Giulio Cesare dal teatro romano, costituiscono altrettanti significativi esempi della scultura di epoca romana.
Una documentazione fotografica illustra inoltre i vari monumenti romani presenti nella città. Reperti dell’età del Bronzo e del Ferro, provenienti dal territorio e dagli scavi effettuati sul colle della Rocca, testimoniano infine le fasi più antiche.
Il teatro, databile al I sec.a.C. e in parte incorporato in edifici posteriori, ha subìto un parziale smantellamento in epoca medievale. Sistematici interventi di restauro, iniziati negli anni Cinquanta, hanno permesso il recupero dell’intero complesso, ripristinando le gradinate. Il piano inferiore è comunque ben conservato, con l’ambulacro ancora percorribile. Durante le manifestazioni connesse al Festival dei Due Mondi, il teatro è utilizzato per gli spettacoli.
Il Museo Archeologico di Spoleto occupa l’ex monastero di S. Agata. Il complesso monumentale è costruito sulle strutture del teatro romano e ne riutilizza in parte materiali e murature.
Propone una documentazione della storia della città e del territorio attraverso mostre a carattere permanente, in cui sono esposti sia materiali provenienti da scavi recenti che dalla collezione civica. Frammenti di materiali attribuibili a partire dall’età del bronzo finale, rinvenuti in nell’area cittadina definiscono i nuclei originari da cui si è sviluppato il centro urbano di Spoleto. Ritratti in marmo ed iscrizioni, insieme ad una documentazione fotografica dei principali resti di monumenti presenti in città, delineano invece l’età romana.
Una sezione è dedicata all’uso e organizzazione del territorio conseguente alla deduzione della colonia latina, del 241 a.C., documentando il vasto progetto di suddivisione della campagna coltivabile in lotti di terreno assegnati ai coloni e la sistematica consacrazione alle divinità delle aree di bosco circostanti. Di eccezionale interesse a questo proposito sono due cippi della fine del III sec. a.C., che rappresentano un documento giuridico e linguistico di fondamentale importanza in quanto riportano in due diverse varianti proprio una legge per la tutela di questi boschi sacri (Lex Luci Spoletina).
Il secondo piano del Museo è dedicato alla Valnerina, un territorio in stretta relazione culturale ed economica con Spoleto. Le fasi più antiche sono rappresentate dai rinvenimenti relativi alla necropoli protostorica di Monteleone di Spoleto in loc. Colle del Capitano. Numerosi materiali votivi, rappresentati soprattutto da bronzetti schematici, caratteristici delle aree cultuali umbre, provengono da santuari individuati a Monteleone di Spoleto e a Montefranco. Alcune terrecotte votive anatomiche sono il segno dell’influenza romana e del proseguimento del culto nei santuari, anche dopo la romanizzazione. Di età ellenistica sono i corredi funerari rinvenuti alla fine dell’Ottocento nella necropoli di Santa Scolastica di Norcia, costituiti principalmente da vasi a vernice nera. In una tomba a più camere furono rinvenuti numerosi frammenti pertinenti alla decorazione figurata di un letto funebre in osso.
In una piccola sezione è esposta la collezione Canzio Sapori, donata allo Stato nel 2001, la quale comprende numerosi e importanti reperti provenienti principalmente dalla Valnerina e dal territorio intorno a Spoleto. Tra di essi si segnalano un cinerario ad impasto con decorazione geometrica da Ponte di Cerreto e un notevole ritratto maschile tardorepubblicano da Ferentillo.