Situata nel centro abitato, la chiesa è circondata da un muro che un tempo racchiudeva il cimitero. Entro il recinto in ciottoli c’è un edificio a due piani (sec. XIII) individuato come ospedale di San Giovanni della Commenda e sorto per una donazione di Artuico di Varmo, per assicurare assistenza e protezione a pellegrini e viandanti.
L’Hospitale di San Giovanni di Gerusalemme a San Tomaso di Majano è stato fondato alla fine del XII sec. dai cavalieri di San Giovanni di Gerusalemme (poi Cavalieri di Malta) nel periodo delle crociate, come risulta dalla pergamena istitutiva originale, del 1199, del “Portis”, conservato nella Biblioteca Comunale di Udine. Costituiva una tappa importante della Via del Tagliamento nell’antica via di Allemagna, che collegava l’Europa fino al Paesi Baltici con i porti dell’Adriatico. 
Il sito era una tappa fondamentale della “Via del Tagliamento” o “Via Crescentia” o Via d’ Allemagna, per i viandanti provenienti dal nord, diretti a Venezia o ai porti sull’Adriatico di Latisana e di Concordia Sagittaria. Rispetto alla Via Julia Augusta, che collegava Aquileia con il Norico (passando per Zuglio) e con la Pannonia (via Canal del Ferro), e alla Concordia-Norico che collegava Artegna (ad Silanos) Buja, Fagagna e Codroipo, con possibilità di deviazione al guado di S. Odorico, attraverso la Via Cividina, la “Via del Tagliamento” si stacca dalla Julia Augusta presso Ospedaletto e, attraverso Osoppo, San Tomaso di Majano, San Daniele, giunge rapidamente al Tagliamento (con possibilità di attraversamento a Ragogna, a San Odorico o Codroipo) e diventa via preferenziale per Venezia, o per altri porti sull’Adriatico (ad esempio via Concordia), oppure verso sud, attraverso Varmo e Ronchis, per giungere al porto di Latisana.
Da un arco aperto in un alto muro si accede ad un cortile, intorno al quale si sviluppa un ampio complesso agricolo incorporante l’ospedale; questo, risalente al sec. XIII ma successivamente trasformato, è aperto nel lato sud, da un loggiato su due piani.
La chiesa di San Giovanni, che esisteva già nel 1199, con il terremoto del 1976 ha subito notevoli danni, ma i successivi interventi di restauro hanno riportato in luce affreschi interni trecenteschi, i più antichi del Friuli di cui si conosca l’autore, Nicolutto da Gemona.
La chiesa di impostazione romanica ha pianta rettangolare con abside semicircolare rivolta ad oriente: costruita con pietre squadrate, la facciata a capanna in pietra presenta una bifora campanaria (sec. XVI).
All’esterno è visibile un affresco raffigurante San Cristoforo e i Santi Giovani, Giacomo e Nicolò (sec. XIII). La chiesa possiede tre altari in legno di cui uno risalente al 1500 con sei statue.
All’interno c’è un’ara romana (I sec. d.C.) dedicata a Sallustia Minnide, usata come acquasantiera. Sul lato destro c’è un affresco di scuola vitalesca del seolo XIV (1348 c.) che rappresenta la Madonna della Misericordia firmato da Nicolutto, figlio di Giacomo da Gemona. Uno stemma dipinto (1561) ricorda i priori Garzano e Lippomano e il locatore Nussi.
MAJANO (Ud), fraz. San Tomaso, Chiesa di San Giovanni di Gerusalemme (sec. XII-XVI)