Le sale del piano nobile ospitano il Museo Archeologico Nazionale, ove sono esposti diversi manufatti provenienti dagli scavi della città etrusca di Spina, fiorita tra il VI e il III secolo a.C.
La città di Spina, abbandonata durante il II secolo a.C., venne scavata in seguito alla riscoperta legata alle opere di prosciugamento delle Valli di Comacchio. Nella necropoli sono state trovate più di 4.000 tombe, alle quali vanno aggiunti gli scavi di una parte dell’abitato. 
Il percorso espositivo segue un criterio cronologico. Tra i pezzi più pregiati i corredi da simposio e la straordinaria collezione di ceramiche attiche a figure rosse (crateri, kylikes, anfore, hydrie). Le pitture rappresentano scene mitologiche, prodotte da importanti artisti ateniesi dell’epoca, e testimoniano la diffusione dell’arte greca in ambito etrusco. Altre ceramiche provengono dalla Magna Grecia, con una pittura più rapida. Accanto ad oggetti di grande ricchezza ve ne sono altri di uso più comune come piatti e ciotole, askoi a forma di animale, completi per il gioco dei dadi, in osso e in pietra. Di produzione etrusca sono oggetti soprattutto in bronzo, quali candelabri, tripodi, sostegni. Da notare le ceramiche alto adriatiche, prodotte localmente quando cessarono i contatti con la Grecia.
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